Сатоси, Такэси и Касуми отправляются отдохнуть в домик профессора на зимние каникулы. Пикачу встречается с другими покемонами и окунается в водоворот приключений.

В будущем, в результате разрушительной войны, Земля была выжжена превратившись в большую пустыню, среди которой встречаются немногочисленные поселения выживших. Одно из последствий войны - мутация. Мутировал как животный мир, так и человечество - появились люди, имеющие третий глаз на лбу -

Братья Такахаси и Такуми Фудзивара образовали гоночную команду под названием Проект Ди. В рамках этого проекта они вызывают на поединок гонщиков из соседних префектур, дабы повысить свое мастерство и прославить свое имя.

Старшеклассник Лин, завербованный Анной Уильямс из корпорации G, должен проникнуть в Киотский университет и найти студента по имени Син Камия. Тем временем глава конгломерата «Мисима» Дзин Кадзама поручает такое же задание Алисе Босконович.